وشهدت مسيرة "العميد" التدريبية العديد من الأزمات مع اللاعبين، في مختلف الأندية التي عمل فيها.
وتعود أولى أزماته الشهيرة إلى عام 2010، عندما كان مديرا فنيا للزمالك واختلف مع حازم إمام، نجم الفريق الصاعد آنذاك، بعدما أدلى اللاعب بتصريحات هاجم فيها الجهاز الفني، لابتعاده عن المشاركة في عدد من المباريات.
أزمة العزب
وفي عام 2017 نشبت أزمة قوية بين حسام وأسامة العزب، لاعب المصري، بعد خروج الأخير من حساباته الفنية.
وتوجه اللاعب وقتها لمقر النادي ليطالب بالرحيل، واشتعلت الأمور بعد تدخل شقيق العزب في المشادة الكلامية مع حسام حسن.
وقرر مجلس إدارة المصري وقتها، برئاسة سمير حلبية، التقدم بشكوى ضد العزب أمام اتحاد الكرة مطالبا بشطبه، قبل أن يعتذر اللاعب بشكل رسمي للإدارة والمدير الفني، ويتنازل عن مستحقاته مقابل عدم التصعيد من جانب النادي.

وفي عام 2019، دخل حسام حسن في أزمة جديدة عندما كان مدربا لسموحة مع مهاجمه، باسم مرسي، حيث وقعت مشادة عنيفة بينهما خلال إحدى الحصص التدريبية، عندما طالب المدرب اللاعبين بالفوز على الزمالك، قائلًا إنه يتصدر جدول الدوري بالصدفة.
وأثارت كلمات حسام غضب باسم مرسي، مهاجم الزمالك السابق، ليدخل الطرفان في مشادة، قبل أن تقرر إدارة سموحة إيقاف اللاعب.
وخلال الموسم الحالي، حدثت مشكلة بين "العميد" ومروان حمدي مهاجم المصري، بعدما حضر الأخير مباراة الزمالك وبيراميدز ضمن منافسات كأس مصر.
وهو ما أغضب الجهاز الفني للفريق البورسعيدي، خصوصا بعدما نشر اللاعب صورة لجماهير القلعة البيضاء.
إقالة
وجاءت آخر الأزمات مع اللاعب الجزائري عبد الرحيم دغموم، الذي تقدم بمذكرة ضد حسام حسن لمجلس إدارة النادي المصري.
واتهم دغموم مدربه بالتعدي عليه بألفاظ خارجة، وتوجيه إهانات له وللاعبي الفريق وأعضاء مجلس إدارة النادي، ليقرر المصري إقالة المدير الفني.
وتحيط أزمات حسام حسن المتتالية مع لاعبيه مستقبله التدريبي بالشكوك، لا سيما مع تكرارها في كل محطاته المهنية تقريبًا.